ABBREVIATIES EN CONVENTIES

admin

Instructies voor Auteurs (PDF)

Verleden tijd

ASM raadt ten zeerste aan om voor de duidelijkheid de verleden tijd te gebruiken om bepaalde gebeurtenissen in het verleden te beschrijven, inclusief de procedures, waarnemingen en gegevens van het onderzoek waarover je rapporteert. Gebruik de tegenwoordige tijd voor uw eigen algemene conclusies, de conclusies van eerdere onderzoekers, en algemeen aanvaarde feiten. Dus, het grootste deel van de samenvatting, Materialen en Methoden, en Resultaten zal in de verleden tijd zijn, en het grootste deel van de inleiding en een deel van de Discussie zal in de tegenwoordige tijd zijn.

Bedenk dat het nodig kan zijn om de tijd te variëren in een enkele zin. Het is bijvoorbeeld correct om te zeggen “White (30) toonde aan dat XYZ-cellen groeien bij pH 6,8,” “Figuur 2 laat zien dat ABC-cellen niet groeiden bij kamertemperatuur,” en “Lucht werd verwijderd uit de kamer en de muizen stierven, wat bewijst dat muizen lucht nodig hebben.” Bij het rapporteren van statistieken en berekeningen is het correct om te zeggen: “De waarden voor de ABC-cellen zijn statistisch significant, wat aangeeft dat het geneesmiddel remde.

Voor een diepgaande bespreking van tense in wetenschappelijk schrijven, zie How To Write and Publish a Scientific Paper, 7th ed.

Afkortingen

Algemeen. Afkortingen moeten worden gebruikt als hulpmiddel voor de lezer, en niet als gemak voor de auteur, en daarom moet het gebruik ervan worden beperkt. Andere afkortingen dan die welke door de IUPAC-IUB (Biochemical Nomenclature and Related Documents, 1992) worden aanbevolen, mogen alleen worden gebruikt wanneer de noodzaak ervan kan worden aangetoond, zoals in tabellen en figuren.

Het is vaak mogelijk om voornaamwoorden te gebruiken of een lang woord te parafraseren na het eerste gebruik ervan (bijvoorbeeld “het geneesmiddel” of “het substraat”). Standaard chemische symbolen en triviale namen of hun symbolen (folaat, Ala, Leu, enz.) mogen ook worden gebruikt.

Definieer elke afkorting en introduceer deze tussen haakjes de eerste keer dat deze wordt gebruikt; bijvoorbeeld, “culturen werden gekweekt in Eagle minimaal essentieel medium (MEM).” In het algemeen, elimineer afkortingen die niet ten minste drie keer in de tekst worden gebruikt (inclusief tabellen en figuurlegenda’s).

Hoeven niet te worden geïntroduceerd. Naast afkortingen voor Système International d’Unités (SI) meeteenheden, andere veelgebruikte eenheden (bijv, bp, kb, en Da), en chemische symbolen voor de elementen, moeten de volgende afkortingen zonder definitie worden gebruikt in de titel, het uittreksel, de tekst, de legenda’s van de figuren en de tabellen:

  • DNA (desoxyribonucleïnezuur)
  • cDNA (complementair DNA)
  • RNA (ribonucleïnezuur)
  • cRNA (complementair RNA)
  • RNase (ribonuclease)
  • DNase (desoxyribonuclease)
  • rRNA (ribosomaal RNA)
  • mRNA (boodschapper-RNA)
  • tRNA (transfer-RNA)
  • AMP, ADP, ATP, dAMP, ddATP, en GTP, enz. (voor de respectieve 5′-fosfaten van adenosine en andere nucleosiden) (voeg 2′-, 3′- of 5′- toe wanneer nodig voor contrast)
  • ATPase en dGTPase, enz. (adenosinetrifosfatase en desoxyguanosinetrifosfatase, enz.)
  • NAD (nicotinamide adenine dinucleotide)
  • NAD+ (nicotinamide adenine dinucleotide, geoxideerd)
  • NADH (nicotinamide adenine dinucleotide, gereduceerd)
  • NADP (nicotinezuuramide-adenine-dinucleotidefosfaat)
  • NADPH (nicotinezuuramide-adenine-dinucleotidefosfaat, gereduceerd)
  • NADP+ (nicotinezuuramide-adenine-dinucleotidefosfaat, geoxideerd)
  • poly(A) en poly(dT), enz. (polyadenylzuur en polydeoxythymidylic zuur, enz.)
  • oligo(dT), enz. (oligodeoxythymidylic zuur, enz.)
  • UV (ultraviolet)
  • PFU (plaque-vormende eenheden)
  • CFU (kolonie-forming units)
  • MIC (minimal inhibitory concentration)
  • Tris
  • DEAE (diethylaminoethyl)
  • EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid)
  • EGTA
  • HEPES (N-2-hydroxyethylpiperazine-N′-2-ethanesulfonic acid)
  • PCR (polymerase chain reaction)
  • AIDS (acquired immunodeficiency syndrome)

Abbreviations for cell lines (e.g., HeLa) also need not be defined.

The following abbreviations should be used without definition in tables:

  • amt (amount)
  • approx (approximately)
  • avg (average)
  • concn (concentration)
  • diam (diameter)
  • expt (experiment)
  • exptl (experimental)
  • ht (height)
  • mo (month)
  • mol wt (molecular weight)
  • no. (number)
  • prepn (preparation)
  • SD (standard deviation)
  • SE (standard error)
  • SEM (standard error of the mean)
  • sp act (specific activity)
  • sp gr (specific gravity)
  • temp (temperatuur)
  • vol (volume)
  • vs (versus)
  • wk (week)
  • wt (gewicht)
  • yr (jaar)

Rapportage van numerieke gegevens

Standaard metrische eenheden worden gebruikt voor de rapportage van lengte, gewicht en volume. Gebruik voor deze eenheden en voor molariteit de voorvoegsels m, μ, n, en p voor respectievelijk 10-3, 10-6, 10-9, en 10-12. Gebruik ook het voorvoegsel k voor 103. Vermijd samengestelde voorvoegsels zoals mµ of µµ. Gebruik µg/ml of µg/g in plaats van het dubbelzinnige ppm. Eenheden van temperatuur worden als volgt weergegeven: 37°C of 324 K.

Wanneer fracties worden gebruikt om eenheden uit te drukken, zoals enzymatische activiteiten, verdient het de voorkeur hele eenheden te gebruiken, zoals “g” of “min,” in de noemer in plaats van fractionele of meervoudige eenheden, zoals µg of 10 min. Zo verdient “pmol/min” de voorkeur boven “nmol/10 min”, en “μmol/g” boven “nmol/μg”. Het verdient ook de voorkeur een ondubbelzinnige vorm, zoals de exponentiële notatie, te gebruiken; zo verdient “μmol g-1 min-1” de voorkeur boven “μmol/g/min”. Rapporteer numerieke gegevens altijd in de juiste SI-eenheden.

Voor een overzicht van enkele veelgemaakte fouten bij statistische analyses en rapporten, plus richtlijnen hoe deze te vermijden, zie de artikelen van Olsen (Infect Immun 71:6689-6692, 2003; Infect Immun 82:916-920, 2014).

Voor een overzicht van statistische basisoverwegingen voor virologie-experimenten, zie het artikel van Richardson en Overbaugh (J Virol 79:669-676, 2005).

Isotopisch gelabelde verbindingen

Voor eenvoudige moleculen wordt de isotopische labeling aangegeven in de chemische formule (bijv, 14CO2, 3H2O, en H235SO4). Haakjes worden niet gebruikt wanneer het isotopensymbool is gekoppeld aan de naam van een verbinding die het element in zijn natuurlijke staat niet bevat (bijv. 32S-ATP) of aan een woord dat geen specifieke chemische naam is (bijv. 131I-gelabeld eiwit, 14C-aminozuren en 3H-liganden).

Voor specifieke chemische stoffen wordt het symbool voor de geïntroduceerde isotoop tussen vierkante haken geplaatst, direct voorafgaand aan het deel van de naam dat de gelabelde entiteit beschrijft. Merk op dat configuratiesymbolen en modificatoren voorafgaan aan het isotopensymbool. De volgende voorbeelden illustreren het correcte gebruik.

  • urea
  • L-methionine
  • serine
  • lysine
  • ATP
  • UDP-glucose
  • E. coli DNA
  • fructose 1,6-bisfosfaat