Engelse periode
De late Esterházy- en Weense periode
Toen Haydn in 1791 in Londen was, was hij diep geraakt door de uitvoering van George Frideric Händels meesterlijke oratoria. Nadat hij zich in Wenen had gevestigd en zijn taken voor prins Esterházy had hervat, begon hij aan het oratorium De Schepping, waarvan de tekst in het Duits was vertaald door baron Gottfried van Swieten. Het werk was zo gepland en uitgevoerd dat het zowel in het Duits als in het Engels kon worden uitgevoerd; men denkt dat dit het eerste muziekwerk is dat werd gepubliceerd met een tekst in twee talen. Het libretto was gebaseerd op het epische gedicht Paradise Lost van John Milton en op het bijbelboek Genesis. Het componeren van het oratorium bleek een zeer aangename taak, en de jaren die eraan werden gewijd, behoorden tot de gelukkigste in Haydns leven. De Schepping werd voor het eerst publiekelijk uitgevoerd in 1798 en verwierf daarna een enorme populariteit. Haydn werd zo aangemoedigd om een ander oratorium te produceren, dat hem tot 1801 in beslag nam. Een uitgebreid gedicht, The Seasons, van James Thomson, werd gekozen als basis voor het (veel kortere) libretto, opnieuw aangepast en vertaald – zij het wat onhandig – door van Swieten, zodat het zowel in het Duits als in het Engels kon worden uitgevoerd. Het libretto stelde Haydn in staat om verrukkelijke muzikale analogieën van gebeurtenissen in de natuur te componeren, en het oratorium oogstte daardoor veel succes, zowel aan het Oostenrijkse hof als bij openbare uitvoeringen (hoewel niet in Londen). Toch werd de muzikale beeldspraak zelfs toen nog als ouderwets beschouwd – een omstandigheid die Haydn met lede ogen aanzag, en die Van Swieten’s slechte adviezen over tekstzetting verweet.
Haydn’s late creatieve productie omvatte zes missen, geschreven voor zijn beschermheer Miklós II. Deze behoren tot de belangrijkste missen van de 18e eeuw. Hij bleef ook prachtige strijkkwartetten componeren, met name de zes Erdödy-kwartetten die bekend staan als Opus 76. In 1797 schonk Haydn aan de Oostenrijkse natie het opzwepende lied “Gott erhalte Franz den Kaiser” (“God behoede keizer Frans”). Het werd meer dan een eeuw lang gebruikt als het volkslied van de Oostenrijkse monarchie en als het patriottische lied “Deutschland, Deutschland über alles” (“Duitsland, Duitsland boven alles”) in Duitsland, waar het nog steeds het nationale volkslied is als “Deutschlandlied”. Het lied was zo geliefd dat Haydn besloot het te gebruiken als thema voor variaties in een van zijn mooiste strijkkwartetten, het Keizerkwartet (Opus 76, Nr. 3).
“De Jaargetijden braken mijn rug,” zou Haydn gezegd hebben; en inderdaad, afgezien van de laatste twee missen van 1801 en 1802, ondernam hij geen grootschalige werken meer. Tijdens de laatste jaren van zijn leven was hij blijkbaar niet in staat om verder te werken. In 1809 belegerden de troepen van Napoleon Wenen en trokken in mei de stad binnen. Haydn weigerde zijn huis te verlaten en zijn toevlucht te zoeken in de binnenstad. Napoleon plaatste een erewacht voor het huis van Haydn, en de verzwakte componist was zeer geroerd door het bezoek van een Franse huzarenofficier die een aria uit De schepping zong. Op 31 mei stierf Haydn vredig, en twee dagen later werd hij begraven.