Período inglés
El período tardío de Esterházy y Viena
Mientras estaba en Londres en 1791, Haydn se sintió profundamente conmovido por la interpretación de los magistrales oratorios de George Frideric Handel. Decidido a componer otras obras de este género, consiguió un libreto adecuado y, tras instalarse en Viena y reanudar sus funciones para el príncipe Esterházy, comenzó a trabajar en el oratorio La Creación, cuyo texto había sido traducido al alemán por el barón Gottfried van Swieten. La obra fue planificada y ejecutada para poder ser interpretada tanto en alemán como en inglés; se cree que es la primera obra musical publicada con texto subyacente en dos idiomas. El libreto se basó en el poema épico El Paraíso Perdido de John Milton y en el libro del Génesis de la Biblia. La composición del oratorio resultó ser una tarea realmente agradable, y los años que le dedicó fueron de los más felices en la vida de Haydn. La Creación se estrenó en público en 1798 y obtuvo una enorme popularidad. Esto animó a Haydn a producir otro oratorio, que le absorbió hasta 1801. Se eligió un extenso poema, Las estaciones, de James Thomson, como base para el libreto (mucho más corto), de nuevo adaptado y traducido -aunque de forma un tanto torpe- por van Swieten para permitir su interpretación tanto en alemán como en inglés. El libreto permitió a Haydn componer deliciosas analogías musicales de acontecimientos de la naturaleza y, como resultado, el oratorio tuvo mucho éxito, tanto en la corte austriaca como en las representaciones públicas (aunque no en Londres). Sin embargo, su imaginería musical se consideraba entonces anticuada, una circunstancia que Haydn reconocía con pesar, y que achacaba a los malos consejos de van Swieten en cuanto a la composición del texto.
La última producción creativa de Haydn incluyó seis misas escritas para su mecenas Miklós II. Éstas se encuentran entre las misas más significativas del siglo XVIII. También continuó componiendo magníficos cuartetos de cuerda, especialmente los seis cuartetos Erdödy conocidos como Opus 76. En 1797 Haydn regaló a la nación austriaca la conmovedora canción «Gott erhalte Franz den Kaiser» («Dios salve al emperador Francisco»). Se utilizó durante más de un siglo como himno nacional de la monarquía austriaca y como canción patriótica «Deutschland, Deutschland über alles» («Alemania, Alemania por encima de todo») en Alemania, donde sigue siendo el himno nacional como «Deutschlandlied». La canción era tan querida que Haydn decidió utilizarla como tema para las variaciones de uno de sus mejores cuartetos de cuerda, el Cuarteto Emperador (Opus 76, nº 3).
«Las Estaciones me rompieron la espalda», se dice que dijo Haydn; y de hecho, aparte de las dos últimas misas de 1801 y 1802, no emprendió más obras a gran escala. Durante los últimos años de su vida, aparentemente fue incapaz de seguir trabajando. En 1809, las fuerzas de Napoleón asediaron Viena y en mayo entraron en la ciudad. Haydn se negó a abandonar su casa y a refugiarse en el centro de la ciudad. Napoleón colocó una guardia de honor ante la casa de Haydn, y el debilitado compositor se sintió muy conmovido por la visita de un oficial de húsares francés que cantó un aria de La Creación. El 31 de mayo Haydn murió en paz y fue enterrado dos días después.