ABBREVIATIONS ET CONVENTIONS

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Instructions aux auteurs (PDF)

Temps du verbe

L’ASM recommande fortement, pour plus de clarté, d’utiliser le passé pour raconter des événements particuliers du passé, notamment les procédures, les observations et les données de l’étude que vous rapportez. Utilisez le présent pour vos propres conclusions générales, les conclusions des chercheurs précédents et les faits généralement acceptés. Ainsi, la plupart du résumé, des Matériaux et méthodes et des Résultats seront au passé, et la plupart de l’introduction et une partie de la Discussion seront au présent.

Sachez qu’il peut être nécessaire de varier le temps dans une seule phrase. Par exemple, il est correct de dire  » White (30) a démontré que les cellules XYZ se développent à pH 6,8 « ,  » La figure 2 montre que les cellules ABC n’ont pas réussi à se développer à température ambiante  » et  » L’air a été retiré de la chambre et les souris sont mortes, ce qui prouve que les souris ont besoin d’air.  » En rapportant les statistiques et les calculs, il est correct de dire « Les valeurs pour les cellules ABC sont statistiquement significatives, ce qui indique que le médicament a inhibé . … »

Pour une discussion approfondie des tensions dans la rédaction scientifique, voir How To Write and Publish a Scientific Paper, 7th ed.

Abréviations

Généralités. Les abréviations doivent être utilisées comme une aide pour le lecteur, plutôt que comme une commodité pour l’auteur, et leur utilisation doit donc être limitée. Les abréviations autres que celles recommandées par l’UICPA-IUB (Biochemical Nomenclature and Related Documents, 1992) ne doivent être utilisées que lorsque leur nécessité peut être démontrée, par exemple dans les tableaux et les figures.

Il est souvent possible d’utiliser des pronoms ou de paraphraser un mot long après sa première utilisation (par exemple, « le médicament » ou « le substrat »). Les symboles chimiques standard et les noms triviaux ou leurs symboles (folate, Ala, Leu, etc.) peuvent également être utilisés.

Définissez chaque abréviation et introduisez-la entre parenthèses la première fois qu’elle est utilisée ; par exemple, « les cultures ont été cultivées dans le milieu essentiel minimal Eagle (MEM) ». En général, éliminez les abréviations qui ne sont pas utilisées au moins trois fois dans le texte (y compris les tableaux et les légendes des figures).

Ne nécessitant pas d’introduction. Outre les abréviations des unités de mesure du Système international d’unités (SI), d’autres unités courantes (par ex, bp, kb et Da), et les symboles chimiques des éléments, les éléments suivants doivent être utilisés sans définition dans le titre, le résumé, le texte, les légendes des figures et les tableaux :

  • ADN (acide désoxyribonucléique)
  • ADNc (ADN complémentaire)
  • ARN (acide ribonucléique)
  • ARNc (ARN complémentaire)
  • RNase. (ribonucléase)
  • DNase (désoxyribonucléase)
  • ARNr (ARN ribosomal)
  • ARNm (ARN messager)
  • ARNt (ARN de transfert)
  • AMP, ADP, ATP, dAMP, ddATP, et GTP, etc. (pour les 5′ phosphates respectifs de l’adénosine et d’autres nucléosides) (ajouter 2′-, 3′-, ou 5′- lorsque cela est nécessaire pour le contraste)
  • ATPase et dGTPase, etc. (adénosine triphosphatase et désoxyguanosine triphosphatase, etc.)
  • NAD (nicotinamide adénine dinucléotide)
  • NAD+ (nicotinamide adénine dinucléotide, oxydé)
  • NADH (nicotinamide adénine dinucléotide, réduit)
  • NADP (nicotinamide adénine dinucléotide phosphate)
  • NADPH (nicotinamide adénine dinucléotide phosphate, réduit)
  • NADP+ (nicotinamide adénine dinucléotide phosphate, oxydé)
  • poly(A) et poly(dT), etc. (acide polyadénylique et acide polydésoxythymidylique, etc.)
  • oligo(dT), etc. (acide oligodésoxythymidylique, etc.)
  • UV (ultraviolets)
  • PFU (unités formatrices de plaques)
  • CFU (unités formatrices de colonies)
  • CFU (unités formatrices de colonies).forming units)
  • MIC (minimal inhibitory concentration)
  • Tris
  • DEAE (diethylaminoethyl)
  • EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid)
  • EGTA
  • HEPES (N-2-hydroxyethylpiperazine-N′-2-ethanesulfonic acid)
  • PCR (polymerase chain reaction)
  • AIDS (acquired immunodeficiency syndrome)

Abbreviations for cell lines (e.g., HeLa) also need not be defined.

The following abbreviations should be used without definition in tables:

  • amt (amount)
  • approx (approximately)
  • avg (average)
  • concn (concentration)
  • diam (diameter)
  • expt (experiment)
  • exptl (experimental)
  • ht (height)
  • mo (month)
  • mol wt (molecular weight)
  • no. (number)
  • prepn (preparation)
  • SD (standard deviation)
  • SE (standard error)
  • SEM (standard error of the mean)
  • sp act (specific activity)
  • sp gr (specific gravity)
  • temp (température)
  • vol (volume)
  • vs (versus)
  • wk (semaine)
  • wt (poids)
  • yr (année)

Reporting Numerical Data

Les unités métriques standard sont utilisées pour rapporter la longueur, le poids et le volume. Pour ces unités et pour la molarité, utilisez les préfixes m, μ, n et p pour 10-3, 10-6, 10-9 et 10-12, respectivement. De même, utilisez le préfixe k pour 103. Évitez les préfixes composés tels que mµ ou µµ. Utilisez µg/ml ou µg/g à la place de l’ambiguïté ppm. Les unités de température sont présentées comme suit : 37°C ou 324 K.

Lorsque des fractions sont utilisées pour exprimer des unités telles que des activités enzymatiques, il est préférable d’utiliser des unités entières, telles que « g » ou « min », au dénominateur plutôt que des unités fractionnaires ou multiples, telles que µg ou 10 min. Par exemple, « pmol/min » est préférable à « nmol/10 min », et « μmol/g » est préférable à « nmol/μg ». Il est également préférable d’utiliser une forme non ambiguë, telle que la notation exponentielle ; par exemple,  » μmol g-1 min-1  » est préférable à  » μmol/g/min « . Toujours rapporter les données numériques dans les unités SI appropriées.

Pour un examen de certaines erreurs courantes associées aux analyses et rapports statistiques, plus des directives sur la façon de les éviter, voir les articles d’Olsen (Infect Immun 71:6689-6692, 2003 ; Infect Immun 82:916-920, 2014).

Pour un examen des considérations statistiques de base pour les expériences de virologie, voir l’article de Richardson et Overbaugh (J Virol 79:669-676, 2005).

Composés marqués isotopiquement

Pour les molécules simples, le marquage isotopique est indiqué dans la formule chimique (par ex, 14CO2, 3H2O, et H235SO4). Les parenthèses ne sont pas utilisées lorsque le symbole isotopique est attaché au nom d’un composé qui, à l’état naturel, ne contient pas l’élément (par exemple, 32S-ATP) ou à un mot qui n’est pas un nom chimique spécifique (par exemple, protéine marquée au 131I, acides aminés au 14C et ligands au 3H).

Pour les produits chimiques spécifiques, le symbole de l’isotope introduit est placé entre crochets directement avant la partie du nom qui décrit l’entité marquée. Notez que les symboles de configuration et les modificateurs précèdent le symbole isotopique. Les exemples suivants illustrent un usage correct.

  • Urée
  • L-méthionine
  • sérine
  • lysine
  • ATP
  • UDP-glucose
  • ADN de E. coli
  • fructose 1,6-bisphosphate

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