Bibliothèque nationale de médecine (NLM)

Patricia Flatley Brennan, RN, PhDNLM

Patricia Flatley Brennan, RN, PhD, est la directrice de la National Library of Medicine, la plus grande bibliothèque biomédicale du monde.

Depuis qu’elle est devenue directrice en août 2016, Mme Brennan a positionné la bibliothèque pour qu’elle soit la plaque tournante de la science des données biomédicales au NIH et dans toute l’entreprise de recherche biomédicale à l’échelle mondiale. Elle a dirigé l’élaboration d’un plan stratégique qui améliore les systèmes de recherche, de développement, de formation et d’information de la NLM.

En tirant parti des ressources de données et d’information de la NLM, de la recherche intramurale et des programmes de recherche et de formation extra-muros, le Dr Brennan renforce et fait progresser l’infrastructure de données de la NLM afin d’accélérer la découverte et la santé axées sur les données, de s’engager auprès de nouveaux utilisateurs par de nouveaux moyens et de former la main-d’œuvre pour un avenir axé sur les données.

Le Dr Brennan est une pionnière dans le développement de systèmes et de services d’information innovants. Ses réalisations professionnelles reflètent son parcours, qui unit l’ingénierie, les technologies de l’information et les soins cliniques pour améliorer la santé publique et garantir la meilleure expérience possible en matière de soins aux patients. Le Dr Brennan occupe un poste de chercheur associé à la Division de la recherche intra-muros de l’Institut national de recherche sur les soins infirmiers, où elle dirige le Laboratoire de visualisation avancée.

Le Dr Brennan est arrivée au NIH après avoir été professeur Lillian L. Moehlman Bascom à l’École des soins infirmiers et au Collège d’ingénierie de l’Université du Wisconsin-Madison. Elle a également dirigé le Living Environments Laboratory (aujourd’hui le Virtual Environments Group) au Wisconsin Institute for Discovery.

Elle a obtenu un Master of Science en soins infirmiers à l’Université de Pennsylvanie et un doctorat en génie industriel à l’Université du Wisconsin-Madison. Après une pratique clinique en soins infirmiers critiques et en soins infirmiers psychiatriques, le Dr Brennan a occupé des postes universitaires à l’Université Marquette, Milwaukee, à l’Université Case Western Reserve, Cleveland, et à l’Université du Wisconsin-Madison.

Ancien président de l’American Medical Informatics Association, le Dr Brennan a été élu à la National Academy of Medicine en 2001. Elle est membre de l’Académie américaine des soins infirmiers, de l’American College of Medical Informatics et de l’Académie de médecine de New York.

En 2020, le Dr Brennan a été intronisée à l’American Institute for Medical and Biological Engineering (AIMBE). Le Collège des Fellows de l’AIMBE est l’une des plus hautes distinctions professionnelles accordées à un ingénieur médical et biologique.

Une bibliographie sélectionnée est disponible. Vous pouvez en apprendre davantage sur le Dr Brennan sur son blog, Musings from the Mezzanine, et sur son compte Twitter : @NLMdirector.

NLM Directors

Major Divisions

NLM’s Extramural Programs Division offers grant support for research projects and research training in biomedical informatics and data science. La recherche en informatique biomédicale et en science des données développe des méthodes et des approches pour améliorer la capture, l’intégration, la gestion, l’analyse, la visualisation, la récupération et l’utilisation des informations et des données biomédicales et comportementales relatives à la santé humaine. La division des programmes extra-muros fournit un soutien à la recherche pour la recherche fondamentale et appliquée dans ces domaines et les domaines connexes.

Pour élargir la main-d’œuvre biomédicale dans le domaine de l’informatique biomédicale et de la science des données, NLM soutient la formation en informatique biomédicale dans les établissements d’enseignement à travers les États-Unis. Ces programmes offrent une formation pré-doctorale et post-doctorale pour les carrières de recherche dans l’informatique des soins de santé, la science des données biomédicales, l’informatique translationnelle, l’informatique de recherche clinique, l’informatique de santé publique et les domaines connexes. En outre, des bourses individuelles pré-doctorales en informatique biomédicale ou en science des données sont offertes, ainsi que des bourses de transition de carrière.

Des subventions sont également accordées aux petites entreprises américaines qui cherchent à entreprendre une recherche et un développement informatiques menant à la commercialisation. Les domaines de recherche critiques comprennent l’aide aux consommateurs pour la visualisation des données de santé, l’intégration des données de grandes ressources de données disparates, les techniques d’intelligence artificielle pour les ressources de données biomédicales, et l’amélioration des données biomédicales, y compris les données de santé personnelles, pour permettre l’accès aux données de plus d’un utilisateur en même temps. Le NLM participe également aux initiatives des NIH pour les petites entreprises relatives à l’adoption de la norme Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR) pour l’échange d’informations de santé électroniques, et à la recherche de thérapies et de techniques améliorées pour améliorer la mesure et le traitement de la douleur en soutien à l’initiative NIH Helping to End Addiction Long-term (HEAL).

La division des programmes extra-muros a deux programmes uniques pour soutenir le développement de ressources d’information pour aider à réduire les disparités en matière de santé et le développement de ressources liées à l’histoire et à la philosophie de la médecine et de la santé publique.

Le NLM est un leader dans la formation à la recherche en informatique biomédicale, en biologie computationnelle et en science des données. Le NLM soutient 200 stagiaires pré-doctoraux et post-doctoraux par an en informatique biomédicale et en science des données dans 16 programmes universitaires à travers le pays. Ces programmes encouragent les candidatures de personnes traditionnellement sous-représentées dans l’informatique et la recherche biomédicales ; onze des programmes offrent une formation d’été spéciale à court terme pour améliorer le recrutement. Au cours de l’exercice 2019, la NLM s’est associée à la National Science Foundation pour engager des experts de la recherche en science des données avec des chercheurs biomédicaux qui étudient et développent des méthodes analytiques avancées appliquées à la santé.

Tous les programmes de subventions actifs de la NLM, les listes de bénéficiaires récents et les coordonnées du personnel chargé des subventions sont fournis à l’adresse https://www.nlm.nih.gov/ep/.

Division des opérations de la bibliothèque (LO)

La division des opérations de la bibliothèque acquiert, organise, préserve et fournit un accès à la collection de la NLM, qui représente le contenu intellectuel et la diversité de la littérature biomédicale mondiale, des données et d’autres objets de recherche et d’information. Ces activités sont guidées par la NLM Collection and Preservation Policy approuvée par le conseil d’administration de la NLM en 2019. LO crée et diffuse également des vocabulaires contrôlés, notamment MeSH, UMLS et RxNorm, ainsi qu’un système de classification des bibliothèques. LO abrite le Centre national d’information sur la recherche sur les services de santé et les technologies des soins de santé, qui fournit des ressources telles que HSRProj, une base de données sur les projets de recherche sur les services de santé.

LLO produit des notices d’indexation et de catalogage qui font autorité et construit et distribue des bases de données bibliographiques, de répertoires et de textes intégraux, notamment MEDLINE via PubMed et DailyMed.

NLM utilise de multiples canaux pour atteindre le public, notamment des sites Web conviviaux pour les consommateurs, des contacts directs et des réseaux communautaires. Des informations de santé grand public fiables et faisant autorité sont disponibles par le biais de MedlinePlus, MedlinePlus en español et MedlinePlus Connect, un service gratuit qui relie les portails de patients et les dossiers médicaux électroniques aux informations de santé grand public.

L’OL abrite également le NIH Common Data Element Repository, qui fait partie d’une initiative à l’échelle du NIH visant à encourager les normes de données de santé dans la recherche clinique et les registres de patients. LO fournit la livraison de documents, principalement par le biais du système DOCLINE de la NLM, et un service client qui aide les gens à utiliser efficacement les collections et les ressources de la NLM.

La division Histoire de la médecine collecte, préserve, met à disposition et interprète la plus riche collection au monde de documents historiques, couvrant du 11e au 21e siècle, dans des formats physiques et numériques, y compris un programme d’expositions historiques et un blog appelé Circulating Now.

L’Office of Engagement and Training (OET) du NLM, qui abrite le National Network of Libraries of Medicine (NNLM), engage plus de 8 100 bibliothèques universitaires de sciences de la santé, bibliothèques hospitalières et publiques, et organisations communautaires à travers les États-Unis pour améliorer l’accès aux informations sur la santé. En partenariat avec le programme de recherche All of Us du NIH, NNLM engage les communautés qui sont sous-représentées dans la recherche biomédicale pour fournir des informations sur la médecine de précision. Le NNLM accroît également la capacité des bibliothèques de recherche et des bibliothécaires en matière de science des données pour gérer et analyser les données biomédicales. L’OET coordonne la formation, l’engagement et le renforcement des capacités sur les offres du NLM pour les parties prenantes prioritaires et le public.

Programme de recherche intramuros

Le NLM mène des recherches pionnières pour faire progresser les connaissances en informatique biomédicale, en biologie computationnelle et en science des données. Le programme de recherche intra-muros du NLM rassemble le Centre national de communications biomédicales de Lister Hill et la branche de biologie computationnelle du Centre national d’information sur les biotechnologies (NCBI).

Le portefeuille de recherche du NLM comprend l’intelligence artificielle, la biologie computationnelle, l’aide à la décision clinique et la surveillance de la santé publique. La recherche du NLM produit de nouvelles approches analytiques et des outils de visualisation qui aident les scientifiques à accélérer la découverte à partir des données et à traduire les résultats en solutions cliniques. Cette recherche contribue à une meilleure compréhension des effets des médicaments, des procédures et d’autres facteurs qui influencent la santé humaine et la prévention et le traitement des maladies. Le NLM produit des outils qui rendent les découvertes et les données de santé plus compréhensibles pour les patients et aide les gens à accéder, stocker, utiliser et comprendre leurs propres données de santé.

Le NLM soutient la recherche dans le traitement du langage médical, l’accès à haut débit aux informations biomédicales, l’analyse et l’utilisation de données d’imagerie biomédicale de haute qualité, et l’analyse à grande échelle des données cliniques et administratives pour prédire les résultats des patients. Ses travaux ont permis de valider les résultats de la recherche clinique, de localiser et d’identifier des virus qui constituent une menace pour la santé publique, et d’améliorer l’apprentissage automatique et le traitement des images pour dépister le cancer du col de l’utérus et contribuer à un traitement précoce. La recherche en biologie computationnelle de la NLM crée de nouvelles façons de représenter et de connecter les données génomiques et biologiques avec la littérature biomédicale et de faire progresser la compréhension de la génomique évolutive. Le NLM produit des outils logiciels analytiques pour obtenir des informations sur les schémas de mutation génétique et les facteurs de maladie, la liaison moléculaire et la structure et la fonction des protéines.

Le NLM accueille également des chercheurs postdoctoraux qui appliquent la science informatique à la recherche, à l’éducation et aux soins cliniques.

Le Lister Hill National Center for Biomedical Communications (LHNCBC)

Le Congrès a créé le Lister Hill Center for Biomedical Communications en 1968 pour améliorer la communication sur l’éducation, la recherche et la pratique en matière de santé. Aujourd’hui, le LHNCBC se concentre sur l’amélioration de la santé grâce à des avancées méthodologiques en matière de science et d’informatique des données de santé. Les activités du LHNCBC sont centrées sur les données cliniques et visent à produire des données interopérables, des méthodes évolutives et la traduction des découvertes de la recherche en opérations.

En plus de contribuer au programme de recherche intra-muros du NLM, le personnel du LHNCBC traduit les découvertes de la recherche en produits et services offerts au public (ex, Open-i®, un moteur de recherche d’images biomédicales en libre accès) et à la communauté des chercheurs (par exemple, le NLM Scrubber, un logiciel pour dépersonnaliser les textes cliniques) ou pour une utilisation dans les opérations du NLM (par exemple, le Medical Text Indexer, un outil qui produit des recommandations d’indexation pour les citations MEDLINE). Le LHNCBC a une longue tradition d’application de techniques d’intelligence artificielle à des images cliniques à des fins de diagnostic ou de pronostic. Parmi les exemples, citons l’identification des parasites du paludisme dans les frottis sanguins, la classification des radiographies pulmonaires pour la tuberculose, ainsi que la détection et la stadification du cancer du col de l’utérus à partir de photographies et d’images histologiques du col de l’utérus. Le personnel du LHNCBC dirige également le développement, l’amélioration et l’adoption de normes de vocabulaire clinique (par exemple, SNOMED CT, LOINC et RxNorm) et de modèles d’information, en mettant l’accent sur la norme HL7 FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) pour l’échange d’informations cliniques.

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Le Congrès a créé le National Center for Biotechnology Information en 1988 en tant que division du NLM et en tant que ressource nationale pour les informations de biologie moléculaire. Depuis lors, le NCBI est une source de premier plan pour les bases de données biomédicales publiques, les outils logiciels d’analyse des données moléculaires et génomiques et la recherche en biologie computationnelle

Le NCBI crée et maintient plus de 40 bases de données pour les communautés médicales et scientifiques ainsi que pour le grand public ; il s’agit notamment de bases de données bibliographiques, moléculaires et génomiques. La principale base de données de littérature du NCBI est PubMed, qui fournit des résumés et des citations pour des millions d’articles provenant de milliers de revues biomédicales. Les enregistrements PubMed comprennent des liens vers les versions en texte intégral des articles (lorsqu’elles sont disponibles) provenant des archives électroniques PubMed Central (PMC) du NCBI et des sites web des revues, ainsi que des liens vers des informations connexes provenant d’autres sites du NCBI, comme les bases de données génomiques et moléculaires.

Certaines des principales ressources génomiques et génétiques du NCBI comprennent GenBank, une collection annotée de toutes les séquences d’ADN accessibles au public ; RefSeq, une collection conservée de séquences d’ADN, d’ARN et de protéines ; la Sequence Read Archive (SRA), qui abrite des données de séquençage à haut débit ; dbSNP, une base de données de variations génétiques courtes (zones du génome dont on a constaté qu’elles variaient entre les humains) ; dbGaP, une base de données qui relie les données sur les génotypes et les phénotypes provenant d’études d’association pangénomique (GWAS) et d’autres études ; ClinVar, une collection de relations signalées entre les variations génétiques et l’état de santé observé ; le registre des tests génétiques, une base de données sur les tests génétiques ; et la ressource Pathogen Detection, qui intègre les données de séquence pour les agents pathogènes bactériens obtenus à partir d’aliments, de l’environnement et de patients humains afin de faciliter la surveillance active et en temps réel des agents pathogènes et des maladies d’origine alimentaire. Le NCBI produit également ClinicalTrials.gov, une base de données d’études cliniques financées par des fonds privés et publics et menées dans le monde entier. D’autres bases de données comprennent des informations sur les structures chimiques et leurs activités biologiques, les séquences de protéines, la structure des protéines, les aberrations chromosomiques dans le cancer, les gènes et l’expression génétique, la taxonomie, et plus encore.

Office of Computer and Communications Systems (OCCS)

L’Office of Computer and Communications Systems fournit des services de technologie de l’information et des conseils techniques pour soutenir les programmes de recherche et de gestion offerts par le NLM. L’OCCS gère et exploite l’épine dorsale du réseau de la NLM, les connexions à l’Internet et aux réseaux Internet2, les réseaux informatiques internes de la NLM, les installations de centres de données sur site et hors site de la NLM, les plateformes de calcul et de stockage d’entreprise, les plateformes de calcul pour les utilisateurs finaux et les technologies d’accès à distance et pour les utilisateurs mobiles.

L’OCCS développe et exploite des services informatiques et des applications logicielles qui soutiennent la mission de la Bibliothèque. L’OCCS développe des applications à la fois pour un usage interne et public – avec une expertise spécifique dans le développement d’applications logicielles qui utilisent une terminologie médicale standardisée.

L’OCCS fournit un support client, une formation et une documentation pour les utilisateurs d’ordinateurs et de réseaux. En outre, l’OCCS élabore des normes et des directives pour la gestion et l’utilisation des technologies de l’information à la NLM, conformément aux meilleures pratiques de l’industrie et aux mandats du gouvernement fédéral applicables. L’OCCS fournit une supervision de tous les programmes de sécurité de l’information à la NLM et s’assure que les systèmes d’information de la NLM sont conformes aux normes fédérales de sécurité de l’information.

En tant que directeur de l’information de la NLM, le directeur de l’OCCS approuve les acquisitions liées à la technologie de l’information, supervise le processus de gouvernance pour les investissements de la NLM dans la technologie de l’information et s’assure que la NLM respecte les lois, les directives et les normes fédérales pertinentes.

L’OCCS a pour mission d’assurer la sécurité de la NLM.