Englisk period
Sena Esterházy- och wienerperioden
Under sitt besök i London 1791 blev Haydn djupt rörd när han fick se George Frideric Händels mästerliga oratorier. Han bestämde sig för att komponera ytterligare verk i denna genre och skaffade sig ett lämpligt libretto, och efter att ha bosatt sig i Wien och återupptagit sina uppgifter för prins Esterházy började han arbeta på oratoriet Skapelsen, vars text hade översatts till tyska av baron Gottfried van Swieten. Verket planerades och utfördes för att kunna framföras på antingen tyska eller engelska; det anses vara det första musikaliska verk som publicerades med text på två språk. Librettot baserades på John Miltons episka dikt Paradise Lost och på Bibelns Första Mosebok. Att komponera oratoriet visade sig vara en verkligt trivsam uppgift, och de år som ägnades åt det hörde till de lyckligaste i Haydns liv. Skapelsen uruppfördes offentligt 1798 och fick därefter en enorm popularitet. Haydn uppmuntrades därför att producera ytterligare ett oratorium, vilket upptog honom fram till 1801. En längre dikt, The Seasons, av James Thomson, valdes som grund för det (mycket kortare) librettot, som återigen anpassades och översattes – om än något otympligt – av van Swieten så att det kunde framföras antingen på tyska eller engelska. Librettot gjorde det möjligt för Haydn att komponera härliga musikaliska analogier till händelser i naturen, och som ett resultat av detta fick oratoriet stor framgång, både vid det österrikiska hovet och vid offentliga föreställningar (dock inte i London). Men dess musikaliska bildspråk betraktades redan då som gammaldags – en omständighet som Haydn med sorg erkände och skyllde på van Swietens dåliga råd när det gällde textförfattandet.
Haydns sena skapande omfattade sex mässor som skrevs för hans beskyddare Miklós II. Dessa hör till 1700-talets mest betydelsefulla mässor. Han fortsatte också att komponera magnifika stråkkvartetter, särskilt de sex Erdödy-kvartetter som är kända som Opus 76. År 1797 gav Haydn den österrikiska nationen den medryckande sången ”Gott erhalte Franz den Kaiser” (”Gud bevare kejsar Frans”). Den användes i mer än ett sekel som den österrikiska monarkins nationalsång och som den patriotiska sången ”Deutschland, Deutschland über alles” (”Tyskland, Tyskland över allt annat”) i Tyskland, där den fortfarande är nationalsång som ”Deutschlandlied”. Sången var så älskad att Haydn beslöt att använda den som tema för variationer i en av sina bästa stråkkvartetter, Kejsarkvartetten (opus 76, nr 3).
”Årstiderna knäckte min rygg”, sägs Haydn ha sagt, och med undantag för de två sista mässorna 1801 och 1802 påbörjade han inga fler storskaliga verk. Under de sista åren av sitt liv var han uppenbarligen oförmögen att arbeta vidare. År 1809 belägrade Napoleons styrkor Wien och i maj intog de staden. Haydn vägrade att lämna sitt hus och ta sin tillflykt till innerstaden. Napoleon placerade en hedersvakt utanför Haydns hus, och den försvagade kompositören blev mycket rörd av besöket av en fransk husarofficer som sjöng en aria ur Skapelsen. Den 31 maj dog Haydn fredligt, och han begravdes två dagar senare.