FÖRKORTNINGAR OCH KONVENTIONER

admin

Instruktioner till författare (PDF)

Verbform

ASM rekommenderar starkt att du av tydlighetsskäl använder förfluten tid för att berätta om särskilda händelser i det förflutna, inklusive förfaranden, observationer och data från den studie som du rapporterar. Använd presens för dina egna allmänna slutsatser, tidigare forskares slutsatser och allmänt accepterade fakta. Således kommer större delen av sammanfattningen, Material och metoder och Resultat att vara i presens, och större delen av inledningen och en del av diskussionen kommer att vara i presens.

Var medveten om att det kan vara nödvändigt att variera presens i en enda mening. Det är till exempel korrekt att säga ”White (30) visade att XYZ-celler växer vid pH 6,8”, ”Figur 2 visar att ABC-cellerna inte växte vid rumstemperatur” och ”Luft avlägsnades från kammaren och mössen dog, vilket bevisar att möss behöver luft”. När man rapporterar statistik och beräkningar är det korrekt att säga ”Värdena för ABC-cellerna är statistiskt signifikanta, vilket visar att läkemedlet hämmade. . . . .”

För en fördjupad diskussion om spänningar i vetenskapliga texter, se How To Write and Publish a Scientific Paper, 7th ed.

Abkortningar

Allmänt. Förkortningar bör användas som ett hjälpmedel för läsaren, snarare än som en bekvämlighet för författaren, och därför bör de användas i begränsad omfattning. Andra förkortningar än de som rekommenderas av IUPAC-IUB (Biochemical Nomenclature and Related Documents, 1992) bör endast användas när det går att argumentera för att de är nödvändiga, t.ex. i tabeller och figurer.

Det är ofta möjligt att använda pronomen eller att parafrasera ett långt ord efter dess första användning (t.ex. ”läkemedlet” eller ”substratet”). Kemiska standardsymboler och trivialnamn eller deras symboler (folat, Ala, Leu osv.) kan också användas.

Definiera varje förkortning och introducera den inom parentes första gången den används, t.ex. ”kulturer odlades i Eagle minimal essential medium (MEM)”. Generellt sett, eliminera förkortningar som inte används minst tre gånger i texten (inklusive tabeller och bildtexter).

Inte kräver introduktion. Förutom förkortningar för Système International d’Unités (SI) måttenheter, andra vanliga enheter (t.ex, bp, kb och Da) och kemiska symboler för grundämnen, bör följande användas utan definition i titel, sammanfattning, text, bildtexter och tabeller:

  • DNA (deoxyribonukleinsyra)
  • cDNA (komplementärt DNA)
  • RNA (ribonukleinsyra)
  • cRNA (komplementärt RNA)
  • RNas. (ribonukleas)
  • DNas (deoxyribonukleas)
  • rRNA (ribosomalt RNA)
  • mRNA (budbärar-RNA)
  • tRNA (transfer-RNA)
  • AMP, ADP, ATP, dAMP, ddATP och GTP osv. (för respektive 5′-fosfat av adenosin och andra nukleosider) (lägg till 2′-, 3′- eller 5′- när det behövs för kontrast)
  • ATPase och dGTPase osv. (adenosintrifosfatas och deoxyguanosintrifosfatas osv.)
  • NAD (nikotinamid adenin dinukleotid)
  • NAD+ (nikotinamid adenin dinukleotid, oxiderat)
  • NADH (nikotinamid adenin dinukleotid, reducerad)
  • NADP (nikotinamidadenin-dinukleotidfosfat)
  • NADPH (nikotinamidadenin-dinukleotidfosfat, reducerad)
  • NADP+ (nikotinamidadenin-dinukleotidfosfat, oxiderad)
  • poly(A) och poly(dT), etc. (polyadenylsyra och polydeoxythymidylsyra etc.)
  • oligo(dT) etc. (oligodeoxythymidylsyra, osv.)
  • UV (ultraviolett)
  • PFU (plackbildande enheter)
  • CFU (koloni-forming units)
  • MIC (minimal inhibitory concentration)
  • Tris
  • DEAE (diethylaminoethyl)
  • EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid)
  • EGTA
  • HEPES (N-2-hydroxyethylpiperazine-N′-2-ethanesulfonic acid)
  • PCR (polymerase chain reaction)
  • AIDS (acquired immunodeficiency syndrome)

Abbreviations for cell lines (e.g., HeLa) also need not be defined.

The following abbreviations should be used without definition in tables:

  • amt (amount)
  • approx (approximately)
  • avg (average)
  • concn (concentration)
  • diam (diameter)
  • expt (experiment)
  • exptl (experimental)
  • ht (height)
  • mo (month)
  • mol wt (molecular weight)
  • no. (number)
  • prepn (preparation)
  • SD (standard deviation)
  • SE (standard error)
  • SEM (standard error of the mean)
  • sp act (specific activity)
  • sp gr (specific gravity)
  • temp (temperatur)
  • vol (volym)
  • vs (versus)
  • wk (vecka)
  • wt (vikt)
  • yr (år)

Rapportering av numeriska data

Standardiserade metriska enheter används för rapportering av längd, vikt och volym. För dessa enheter och för molaritet används prefixen m, μ, n och p för 10-3, 10-6, 10-9 respektive 10-12. På samma sätt används prefixet k för 103. Undvik sammansatta prefix som mµ eller µµ. Använd µg/ml eller µg/g i stället för det tvetydiga ppm. Temperaturenheter presenteras på följande sätt: När fraktioner används för att uttrycka enheter, t.ex. enzymatiska aktiviteter, är det bättre att använda hela enheter, t.ex. g eller min, i nämnaren i stället för fraktionella eller multipla enheter, t.ex. µg eller 10 min. Exempelvis är ”pmol/min” att föredra framför ”nmol/10 min” och ”μmol/g” är att föredra framför ”nmol/μg”. Det är också att föredra att en entydig form, t.ex. exponentiell notation, används, t.ex. ”μmol g-1 min-1” är att föredra framför ”μmol/g/min”. Rapportera alltid numeriska data i lämpliga SI-enheter.

För en genomgång av några vanliga fel som är förknippade med statistiska analyser och rapporter, samt riktlinjer för hur man undviker dem, se artiklarna av Olsen (Infect Immun 71:6689-6692, 2003; Infect Immun 82:916-920, 2014).

För en genomgång av grundläggande statistiska överväganden för virologiska experiment, se artikeln av Richardson och Overbaugh (J Virol 79:669-676, 2005).

Isotopiskt märkta föreningar

För enkla molekyler anges isotopmärkning i den kemiska formeln (t.ex, 14CO2, 3H2O och H235SO4). Parenteser används inte när isotopsymbolen är knuten till namnet på en förening som i sitt naturliga tillstånd inte innehåller grundämnet (t.ex. 32S-ATP) eller till ett ord som inte är ett specifikt kemiskt namn (t.ex. 131I-märkt protein, 14C-aminosyror och 3H-ligander).

För specifika kemikalier placeras symbolen för den introducerade isotopen inom hakparenteser direkt före den del av namnet som beskriver den märkta enheten. Observera att konfigurationssymboler och modifieringar föregår isotopsymbolen. Följande exempel illustrerar korrekt användning:

  • urea
  • L-methionin
  • serin
  • lysin
  • ATP
  • UDP-glukos
  • E. coli DNA
  • fruktos 1,6-bisfosfat

.