Angol korszak
A késői Esterházy- és bécsi korszak
Amíg 1791-ben Londonban tartózkodott, Haydnt mélyen megérintette George Frideric Händel mesteri oratóriumainak előadása. Elhatározta, hogy további műveket komponál ebben a műfajban, ezért megfelelő librettót szerzett, és miután Bécsben letelepedett, és ismét Esterházy herceg szolgálatába állt, hozzálátott A teremtés című oratórium munkálataihoz, amelynek szövegét Gottfried van Swieten báró fordította németre. A művet úgy tervezték és kivitelezték, hogy német vagy angol nyelven is előadható legyen; úgy tartják, hogy ez az első olyan zenemű, amelyet kétnyelvű szöveggel aláfestve adtak ki. A librettó John Milton Elveszett paradicsom című eposzán és a Biblia Teremtés könyvén alapult. Az oratórium megkomponálása igazán rokonszenves feladatnak bizonyult, és a neki szentelt évek Haydn életének legboldogabb évei közé tartoztak. A Teremtés 1798-ban került először nyilvános előadásra, és ezt követően hatalmas népszerűségre tett szert. Haydn így ösztönzést kapott egy újabb oratórium megalkotására, amely 1801-ig lekötötte. A (jóval rövidebb) librettó alapjául James Thomson Az évszakok című bővített versét választották, amelyet ismét van Swieten dolgozott át és fordított le – ha kissé körülményesen is -, hogy német vagy angol nyelven is előadható legyen. A librettó lehetővé tette Haydn számára, hogy a természet eseményeinek elragadó zenei analógiáit komponálja, és ennek eredményeként az oratórium nagy sikert aratott mind az osztrák udvarban, mind a nyilvános előadásokban (bár Londonban nem). Zenei képeit azonban már akkor is régimódinak tartották – ezt a körülményt Haydn sajnálkozva ismerte el, és van Swieten rossz tanácsait okolta a szöveg megformálásával kapcsolatban.
Haydn kései alkotói munkásságához hat mise tartozott, amelyeket mecénása, II Miklós számára írt. Ezek a 18. század legjelentősebb miséi közé tartoznak. Emellett továbbra is nagyszerű vonósnégyeseket komponált, nevezetesen az Opus 76 néven ismert hat Erdödy-kvartettet. 1797-ben Haydn az osztrák nemzetnek adta a “Gott erhalte Franz den Kaiser” (“Isten óvja Ferenc császárt”) című felkavaró dalt. Több mint egy évszázadon át az Osztrák Monarchia nemzeti himnuszaként és a “Deutschland, Deutschland über alles” (“Németország, Németország mindenek felett”) című hazafias énekként használták Németországban, ahol “Deutschlandlied” néven ma is nemzeti himnusz. A dal annyira kedvelt volt, hogy Haydn úgy döntött, hogy egyik legjobb vonósnégyesének, a Császárnégyesnek (Opus 76, No. 3) variációs témájaként használja fel.
“Az Évszakok megtörte a gerincemet” – mondta állítólag Haydn, és valóban, az 1801-es és 1802-es utolsó két misén kívül több nagyszabású művet nem vállalt. Élete utolsó éveiben, úgy tűnik, képtelen volt további munkára. 1809-ben Napóleon csapatai ostromolták Bécset, és májusban bevonultak a városba. Haydn nem volt hajlandó elhagyni a házát, és a belvárosban keresett menedéket. Napóleon díszőrséget állított Haydn háza elé, és a legyengült zeneszerzőt nagyon meghatotta egy francia huszártiszt látogatása, aki a Teremtésből énekelt egy áriát. Május 31-én Haydn békésen meghalt, és két nappal később eltemették.