Okres angielski
Późny okres Esterházy’ego i wiedeński
Przebywając w Londynie w 1791 roku, Haydn był głęboko poruszony wykonaniem mistrzowskich oratoriów Georga Friderica Haendla. Postanowiwszy skomponować kolejne dzieła w tym gatunku, zdobył odpowiednie libretto, a po osiedleniu się w Wiedniu i wznowieniu obowiązków u księcia Esterházy’ego, rozpoczął pracę nad oratorium Stworzenie, którego tekst na język niemiecki przetłumaczył baron Gottfried van Swieten. Dzieło zostało zaplanowane i wykonane tak, by można je było wykonywać w języku niemieckim lub angielskim; uważa się, że jest to pierwsze dzieło muzyczne wydane z podkładem tekstowym w dwóch językach. Libretto oparte zostało na poemacie epickim Raj utracony Johna Miltona oraz na biblijnej Księdze Rodzaju. Komponowanie oratorium okazało się prawdziwie genialnym zadaniem, a lata poświęcone na jego realizację należały do najszczęśliwszych w życiu Haydna. Pierwsze publiczne wykonanie Stworzenia odbyło się w 1798 roku i zyskało później ogromną popularność. Zachęciło to Haydna do stworzenia kolejnego oratorium, które pochłonęło go aż do 1801 roku. Za podstawę libretta (znacznie krótszego) wybrano rozbudowany poemat The Seasons Jamesa Thomsona, ponownie zaadaptowany i przetłumaczony – choć nieco niezręcznie – przez van Swietena tak, by można go było wykonać zarówno po niemiecku, jak i angielsku. Libretto pozwoliło Haydnowi na skomponowanie zachwycających muzycznych analogii do wydarzeń w przyrodzie, dzięki czemu oratorium odniosło wielki sukces, zarówno na dworze austriackim, jak i podczas publicznych występów (choć nie w Londynie). Jednak jego muzyczna wyobraźnia już wtedy uchodziła za staroświecką – co Haydn z żalem przyznał, obwiniając van Swietena o słabe rady w kwestii opracowania tekstu.
Późna twórczość Haydna obejmowała sześć mszy napisanych dla jego patrona Miklósa II. Należą one do najbardziej znaczących mszy XVIII wieku. Kontynuował też komponowanie wspaniałych kwartetów smyczkowych, zwłaszcza sześciu kwartetów Erdödy’ego, znanych jako opus 76. W 1797 r. Haydn podarował narodowi austriackiemu pieśń „Gott erhalte Franz den Kaiser” („Boże, chroń cesarza Franciszka”). Przez ponad sto lat była ona używana jako hymn narodowy monarchii austriackiej oraz jako pieśń patriotyczna „Deutschland, Deutschland über alles” („Niemcy, Niemcy ponad wszystko”) w Niemczech, gdzie jako „Deutschlandlied” pozostaje hymnem narodowym. Pieśń była tak ukochana, że Haydn postanowił wykorzystać ją jako temat wariacji w jednym ze swoich najlepszych kwartetów smyczkowych, Kwartecie Cesarskim (opus 76, nr 3).
„Pory roku złamały mi kręgosłup” – miał podobno powiedzieć Haydn; i rzeczywiście, poza dwiema ostatnimi mszami z 1801 i 1802 roku, nie podjął się już żadnego większego dzieła. W ostatnich latach życia był najwyraźniej niezdolny do dalszej pracy. W 1809 r. wojska Napoleona obległy Wiedeń i w maju wkroczyły do miasta. Haydn odmówił opuszczenia swojego domu i schronienia się w śródmieściu. Napoleon wystawił przed domem Haydna wartę honorową, a osłabiony kompozytor był bardzo wzruszony wizytą oficera francuskich huzarów, który zaśpiewał arię z Stworzenia. 31 maja Haydn zmarł spokojnie, a pochowano go dwa dni później.