TLC este un instrument analitic excelent pentru separarea amestecurilor dintr-o probă. În această secțiune sunt discutate detaliile separării și se dezvoltă discuția generală din secțiunea 2.1.B.
În toate formele de cromatografie, probele se echilibrează între fazele staționară și mobilă. În aproape toate aplicațiile de TLC, faza staționară este un adsorbant din silice sau alumină, iar faza mobilă este un solvent organic sau un amestec de solvenți („eluent”) care urcă pe placă (ecuația 3).
Silica gel (prezentată în figura 2.16) este compusă dintr-o rețea de legături siliciu-oxigen, cu legături \(\ce{O-H}\) pe suprafața sa, precum și un strat de molecule de apă. Gelul de siliciu \(\left( \ce{SiO_2} \cdot x \ce{H_2O} \right)\) este utilizat în această discuție, dar este structural analog cu alumina \(\left( \ce{Al_2O_3} \cdot x \ce{H_2O} \right)\). Această fază staționară foarte polară este combinată cu o fază mobilă relativ nepolară (un solvent sau o soluție organică), în ceea ce se numește TLC „în fază normală”. Deși aceasta este cea mai comună formă de TLC (și pe care se va pune accentul în această secțiune), se utilizează uneori TLC „în fază inversă” (cu o fază staționară nepolară și o fază mobilă polară).
Figura 2.16 arată cum s-ar agăța acetofenona de suprafața silicagelului prin forțe intermoleculare (FMI). În acest caz, acetofenona se poate lega prin legături de hidrogen (FMI indicată în figura 2.16a) de suprafața siliciului prin atomul său de oxigen. Pe măsură ce eluentul curge peste probă (figura 2.16b), se stabilește un echilibru între proba care este adsorbită pe faza staționară și dizolvată în faza mobilă. Atunci când se află în faza mobilă, compusul se deplasează în sus pe placă odată cu fluxul de lichid (figura 2.16c) pentru a se adsorbi ulterior pe faza staționară mai sus pe placă. Rezultatul \(R_f\) al compusului depinde de timpul petrecut în fazele staționară și mobilă.