Perioada engleză
Perioada Esterházy târzie și perioada vieneză
În timp ce se afla la Londra în 1791, Haydn a fost profund emoționat de interpretarea oratoriilor magistrale ale lui George Frideric Handel. Hotărând să compună alte lucrări în acest gen, a obținut un libret potrivit și, după ce s-a stabilit la Viena și și-a reluat îndatoririle pentru Prințul Esterházy, a început să lucreze la oratoriul Creația, al cărui text fusese tradus în germană de baronul Gottfried van Swieten. Lucrarea a fost planificată și executată pentru a putea fi interpretată fie în germană, fie în engleză; se crede că este prima lucrare muzicală publicată cu text subînțeles în două limbi. Libretul s-a bazat pe poemul epic Paradisul pierdut de John Milton și pe cartea Geneza din Biblie. Compunerea oratoriului s-a dovedit a fi o sarcină cu adevărat plăcută, iar anii dedicați acestuia au fost printre cei mai fericiți din viața lui Haydn. Creația a fost interpretată pentru prima dată în public în 1798 și a câștigat ulterior o popularitate enormă. Haydn a fost astfel încurajat să producă un alt oratoriu, care l-a absorbit până în 1801. Un poem extins, Anotimpurile, de James Thomson, a fost ales ca bază pentru libretul (mult mai scurt), din nou adaptat și tradus – chiar dacă oarecum ciudat – de van Swieten, astfel încât să poată fi interpretat atât în germană, cât și în engleză. Libretul i-a permis lui Haydn să compună analogii muzicale încântătoare ale evenimentelor din natură și, ca urmare, oratoriul a avut un mare succes, atât la curtea austriacă, cât și în spectacolele publice (deși nu și la Londra). Cu toate acestea, imaginile sale muzicale au fost considerate chiar și atunci ca fiind demodate – o circumstanță recunoscută cu părere de rău de Haydn, care a dat vina pe sfaturile proaste ale lui van Swieten în ceea ce privește stabilirea textului.
Producția creativă târzie a lui Haydn a inclus șase slujbe scrise pentru patronul său Miklós al II-lea. Acestea se numără printre cele mai însemnate slujbe ale secolului al XVIII-lea. De asemenea, a continuat să compună magnifice cvartete de coarde, în special cele șase cvartete Erdödy cunoscute sub numele de Opus 76. În 1797, Haydn a dăruit națiunii austriece emoționantul cântec „Gott erhalte Franz den Kaiser” („Dumnezeu să-l salveze pe împăratul Francisc”). A fost folosit timp de mai bine de un secol ca imn național al monarhiei austriece și ca cântec patriotic „Deutschland, Deutschland über alles” („Germania, Germania mai presus de toate”) în Germania, unde a rămas imnul național sub numele de „Deutschlandlied”. Cântecul a fost atât de îndrăgit încât Haydn a decis să îl folosească ca temă pentru variațiuni în unul dintre cele mai bune cvartete de coarde ale sale, Cvartetul Împăratul (Opus 76, nr. 3).
„Anotimpurile mi-au rupt spatele”, se spune că ar fi spus Haydn; și, într-adevăr, în afară de ultimele două slujbe din 1801 și 1802, nu a mai întreprins nicio lucrare de mare anvergură. În ultimii ani ai vieții sale, se pare că a fost incapabil să mai lucreze. În 1809, forțele lui Napoleon au asediat Viena și în luna mai au intrat în oraș. Haydn a refuzat să-și părăsească casa și să se refugieze în centrul orașului. Napoleon a plasat o gardă de onoare în fața casei lui Haydn, iar compozitorul slăbit a fost foarte emoționat de vizita unui ofițer de husari francezi care a cântat o arie din Creația. Pe 31 mai Haydn a murit liniștit, fiind înmormântat două zile mai târziu.