Pokyny pro předkládání příspěvků

Nomenklatura genů

Pro označení genů byste měli používat schválenou nomenklaturu a používat spíše symboly než plné názvy psané kurzívou (například Ttn, nikoli titin). Správné názvy a symboly genů naleznete v příslušných nomenklaturních databázích. Užitečným zdrojem je Entrez Gene.

Schválené symboly lidských genů můžete získat od Výboru pro nomenklaturu genů HUGO (HGNC), e-mail: [email protected]; viz také www.genenames.org.

Pokud navrhujete názvy genů, které ještě nejsou schváleny, předložte je co nejdříve příslušným výborům pro nomenklaturu, protože musí být uloženy a schváleny před zveřejněním článku.

Vyvarujte se uvádění více názvů genů (nebo proteinů) oddělených lomítkem, jako je tomu v případě „Oct4/Pou5f1“, protože to je nejednoznačné (může to znamenat poměr, komplex, alternativní názvy nebo různé podjednotky). V celém textu používejte jeden název a druhý uvádějte při první zmínce: „Oct4 (známý také jako Pou5f1)“.

Characterisation of chemical and biomolecular materials

Scientific Reports se snaží publikovat technicky podložený výzkum. Na rukopisy zaslané do časopisu budou kladeny přísné nároky, pokud jde o experimentální metody a charakterizaci nových sloučenin.

Pro každou novou sloučeninu popsanou v rukopise musíte poskytnout odpovídající údaje na podporu přiřazení identity a čistoty. Měli byste poskytnout prohlášení potvrzující zdroj, identitu a čistotu známých sloučenin, které jsou pro vědeckou studii klíčové, a to i v případě, že jsou zakoupeny nebo resyntetizovány pomocí publikovaných metod.

Chemická identita

Chemická identita organických a organokovových sloučenin by měla být stanovena pomocí spektroskopické analýzy. U všech nových sloučenin by měly být uvedeny standardní seznamy píků (viz pokyny pro formátování níže) pro 1H NMR a protonově oddělenou 13C NMR. V případě potřeby by měly být uvedeny další údaje NMR (31P NMR, 19F NMR atd.). U nových materiálů byste měli uvést také hmotnostní spektrální údaje na podporu identifikace molekulové hmotnosti. Upřednostňují se hmotnostní spektrální data s vysokým rozlišením (HRMS). Je-li to vhodné, můžete uvést UV nebo IČ spektrální údaje pro identifikaci charakteristických funkčních skupin. U krystalických materiálů byste měli uvést rozmezí teploty tání. U chirálních sloučenin můžete uvést specifické rotace. U známých sloučenin byste měli uvést spíše odkazy než podrobné postupy, pokud jejich protokoly nepředstavují odchylku od publikovaných metod nebo jejich vylepšení.

Kombinační knihovny sloučenin

Při popisu přípravy kombinatorických knihoven byste měli uvést standardní charakterizační údaje pro různorodý panel složek knihovny.

Biomolekulární identita

U nových biopolymerních materiálů (oligosacharidy, peptidy, nukleové kyseliny atd.) nemusí být možná přímá strukturní analýza pomocí spektroskopických metod NMR. V těchto případech musíte poskytnout důkaz identity založený na sekvenci (je-li to vhodné) a hmotnostní spektrální charakterizaci.

Biologické konstrukty

Měli byste poskytnout sekvenační nebo funkční údaje, které potvrzují identitu jejich biologických konstruktů (plazmidy, fúzní proteiny, mutanty řízené místem atd.), a to buď v textu rukopisu, nebo případně v části Metody.

Čistota vzorku

Pro každou novou sloučeninu požadujeme důkaz čistoty vzorku. Metody analýzy čistoty závisí na třídě sloučeniny. U většiny organických a organokovových sloučenin lze čistotu prokázat pomocí vysokofrekvenčních dat 1H NMR nebo 13C NMR, ačkoli u malých molekul se doporučuje elementární analýza (±0,4 %). Pro prokázání čistoty malých molekul a polymerních materiálů můžete použít kvantitativní analytické metody včetně chromatografických (GC, HPLC atd.) nebo elektroforetických analýz.

Spektrální údaje

Podrobné spektrální údaje pro nové sloučeniny uveďte ve formě seznamu (viz níže) v části Metody. Obrázky obsahující spektra obecně nebudou zveřejněny jako obrázek v rukopise, pokud nejsou údaje přímo relevantní pro hlavní závěry článku. Doporučujeme vám, abyste do doplňkových informací zahrnuli vysoce kvalitní obrázky spektrálních dat pro klíčové sloučeniny. Konkrétní přiřazení NMR za integračními hodnotami byste měli uvádět pouze v případě, že byla jednoznačně určena pomocí vícerozměrné NMR nebo rozpojovacích experimentů. Informace o tom, jak byla přiřazení provedena, byste měli uvést v obecné části Metody.

Krystalografická data pro malé molekuly

Pokud váš rukopis uvádí nové trojrozměrné struktury malých molekul z krystalografické analýzy, měli byste jako Doplňkové informace přiložit soubor .cif a strukturní obrázek s elipsoidy pravděpodobnosti pro zveřejnění. Ty musí být zkontrolovány pomocí rutiny IUCR CheckCIF a k předloženému příspěvku musíte přiložit kopii výstupu ve formátu PDF spolu se zdůvodněním všech uváděných výstrah. Krystalografická data pro malé molekuly byste měli zaslat do Cambridgeské strukturní databáze a v rukopise uvést odpovídající odkaz na číslo uložení. Při zveřejnění musí být poskytnut plný přístup.

Makromolekulární strukturní data

Pokud váš rukopis uvádí nové struktury, měl by obsahovat tabulku shrnující strukturní a upřesňující statistiky. K dispozici jsou šablony takových tabulek popisujících data NMR a rentgenové krystalografie. Pro usnadnění posouzení kvality strukturních dat byste měli spolu s rukopisem předložit stereosnímek části mapy elektronové hustoty (u krystalografických prací) nebo superponované struktury s nejnižší energií (≳10; u prací NMR). Pokud uváděná struktura představuje nový celkový záhyb, měli byste také poskytnout stereosnímek celé struktury (jako stopu páteře).

Registrované zprávy

Registrované zprávy jsou původní výzkumné články, které před sběrem dat a analýzami procházejí recenzním řízením. Tento formát je navržen tak, aby minimalizoval publikační zkreslení a zkreslení výzkumu při výzkumu založeném na hypotézách a zároveň umožňoval flexibilitu při provádění průzkumných (neregistrovaných) analýz a hlášení náhodných zjištění. Pokud máte v úmyslu zaslat registrovanou zprávu do časopisu Scientific Reports, přečtěte si podrobné pokyny zde.